广州南到杭州高铁途经的站点包括深圳北站、龙华站、惠州南站、梅州站、潮汕站、揭阳站、汕头站、澄海站、南澳站、汕尾站、陆丰站、肇庆东站、韶关站、长沙南站、武汉站、徐州东站、连云港东站、盐城站、南通站、上海
广州南到杭州高铁途经的站点包括深圳北站、龙华站、惠州南站、梅州站、潮汕站、揭阳站、汕头站、澄海站、南澳站、汕尾站、陆丰站、肇庆东站、韶关站、长沙南站、武汉站、徐州东站、连云港东站、盐城站、南通站、上海虹桥站、杭州东站等20个站点。
其中，深圳北站是广州南到杭州高铁的第一个站点，也是深圳市区内唯一一站高铁车站。龙华站和惠州南站为两个广州市内外的相邻车站，分别位于龙华新区和惠州市惠城区南部。
梅州站、潮汕站、揭阳站、汕头站、澄海站、南澳站、汕尾站、陆丰站、肇庆东站、韶关站为广州南到杭州高铁的中间区段车站。这些站点位于广东省境内，其中肇庆东站和韶关站是两个较大的城市的高铁车站。
而长沙南站和武汉站为广州南到杭州高铁的两个主要枢纽站，也是湖南省和湖北省的两个主要交通枢纽。此外，徐州东站、连云港东站、盐城站、南通站、上海虹桥站为沿途重要城市的高铁车站，其中上海虹桥站为广州南到杭州高铁的倒数第二个站点。
最后，杭州东站为广州南到杭州高铁的终点站，是杭州市区内主要的高铁车站之一。杭州东站地理位置优越，为杭州市经济快速发展提供了良好的交通支援。
